实施条例规定，企业开发新技术、新产品、新工艺发生的研究开发费用可在据实扣除的基础上，再加计扣除50％。创业投资企业采取股权投资方式投资于未上市的中小高新技术企业2年以上的，可以按照其投资额的70%在股权持有满2年的当年抵扣该创业投资企业的应纳税所得额；当年不足抵扣的，可以在以后纳税年度结转抵扣。一个纳税年度内，居民企业技术转让所得不超过500万元的部分，免征企业所得税；超过500万元的部分，减半征收企业所得税。

　　实施条例规定，企业从事农作物新品种的选育和中药材的种植等所得，免征企业所得税。实施条例还对因技术进步等需加速折旧的固定资产作了明确的规定。

　　为使税收优惠重点进一步向自主创新型企业倾斜，实施条例还将高新技术企业的界定范围，由现行按高新技术产品划分改为按高新技术领域划分，并规定了高新技术企业的认定指标：拥有核心自主知识产权；产品（服务）属于《国家重点支持的高新技术领域》规定的范围；研究开发费用占销售收入的比例等，均不低于规定标准。

　　同时，实施条例还明确了特许权使用费收入是指企业提供专利权、非专利技术、商标权、著作权以及其他特许权的使用权取得的收入。

　　实施条例自2008年1月1日起施行。1991年6月30日国务院发布的《中华人民共和国外商投资企业和外国企业所得税法实施细则》和1994年2月4日财政部发布的《中华人民共和国企业所得税暂行条例实施细则》同时废止。