《办法》对专项经费项目的合作成果与知识产权管理作了具体规定。指出专项经费项目的知识产权管理和保护应遵循平等互利、尊重协议、信守承诺的原则，遵守我国相关知识产权法律法规以及我国参加或者与合作国签订的有关知识产权保护的国际公约或者双边条约。科技部在与项目承担单位签署的项目任务合同书中，应当明确约定该项目的知识产权具体目标、保护方式、属于中方部分的权利归属与分享以及项目承担单位的管理职责等事项。

　　按照《办法》的规定，项目承担单位在与外方合作单位签订项目合作协议时，应当设立知识产权专门条款或者双方另行签署专门的知识产权协议，对合作中所涉及或产生的知识产权归属及权益分配、违约责任、争议处理等知识产权事项做出具体约定，并按照原项目申请渠道报科技部备案。其中，专项经费项目所产生的研究成果及其形成的知识产权中属于中方的部分，除涉及国家安全、国家利益和重大社会公共利益以及项目任务合同书或合作协议中另有约定的以外，依照《关于国家科研计划项目研究成果知识产权管理若干规定》授予项目承担单位。

　　《办法》还对国际科技合作与交流中有关知识产权专项经费的支持重点和开支范围、申请和立项、预算编制和审批、预算执行等作出规定。《办法》要求，当来源预算中涉及外方投入的，应在来源预算说明中明确外方投入与合作研发成果、知识产权分享的关系等事项。

　　科技部将建立专项经费项目管理数据库，将合作研发成果及知识产权管理情况等内容纳入数据库进行管理。